C'est par l'intermédiaire des Missions étrangères que Noël Peri arrive au Japon en 1888, quelques mois après avoir reçu la prêtrise. Il a alors 23 ans. Dès son arrivée il entreprend l'étude de la langue parlée, puis de la langue écrite. Il est tout d'abord envoyé à Matsumoto (département de Nagano), ville située dans les montagnes. Il y passe six années (avec une courte interruption en 1892, où il est rappelé à Tôkyô pour y diriger un orphelinat), au terme desquelles il a terminé la traduction en japonais de deux des quatre Évangiles.
Par la suite, il s'installe à Tôkyô, dans le but de fonder une grande revue en japonais, et, à côté d'elle, pour la soutenir et lui fournir ses moyens d'existence, une librairie française. La revue Tenchijin (Le Ciel, la Terre et l'Homme) commence à paraître en fascicules mensuels, en 1898. N. Peri veut en faire une revue de haute tenue philosophique, où soient abordés tous les grands problèmes de la métaphysique et de la morale, dans un sens catholique, mais sans préoccupation confessionnelle trop étroite. Il met en elle beaucoup d'espoir pour assurer au Japon le prestige et le succès du catholicisme. La librairie, fondée en même temps, est confiée à ses soins. Cependant, alors que l'effort fourni par N. Peri semble porter ses fruits, des influences hostiles au groupe des novateurs qu'il incarne ont raison de sa détermination, et, en mai 1902, il quitte la Société des Missions étrangères pour exercer désormais librement son ministère au Japon comme prêtre indépendant.