Né à Brooklyn de père juif et de mère catholique, Witkin est témoin à l'age de six ans d'un accident de voiture prémonitoire de son univers photographique : la tête coupée d'une petite fille roule à ses pieds. Dès l'âge de 16 ans, Witkin prend en photo des monstres. Il étudie la sculpture et obtient une licence de beaux-arts en 1974. Après son installation à Albuquerque, il fait une thèse sur la photographie et enseigne à l'université.
Il commence à exposer en 1969.
